Генетические маркеры антибиотикорезистентности возбудителей инфекций нижних дыхательных путей у пациентов в хроническом критическом состоянии

Цель работы — определить частоту встречаемости генетических маркеров резистентности к антимикробным препаратам у возбудителей инфекций нижних дыхательных путей у пациентов в хроническом критическом состоянии.

Материалы и методы. Провели анализ генетических маркеров резистентности к антимикробным препаратам у возбудителей инфекций нижних дыхательных путей у 251 пациента в хроническом критическом состоянии, находившегося в отделении реанимации и интенсивной терапии (ОРИТ) в 2025 г. Идентификацию возбудителей и детекцию генов выполняли автоматическим анализатором и методом полимеразной цепной реакции в режиме реального времени (ПЦР-РВ).

Результаты. Подтвердили доминирование трех патогенов: Klebsiella pneumoniae, Acinetobacter baumannii и Pseudomonas aeruginosa, на долю которых приходится более 40 % выявленных инфекций. Установили, что среди выявленных генетических детерминант резистентности доминирующее положение занимал ген shv (58,35 %), который отвечает за природную резистентность K. pneumoniae и приобретенную резистентность E. coli. Второе место по распространенности занял ген ctx-m-1 с показателем 55,80%, а третье — ген tem (50,29 %), Значительную долю составили гены карбапенемаз: ndm-гены выявлены в 41,45 % образцов, а гены семейства oxa продемонстрировали широкое распространение — oxa-48-like обнаружен в 40,47 % случаев, oxa-40-like — в 38,51 %, oxa-51-like — в 34,38%, а oxa-23-like — в 18,86 %.

Заключение. У пациентов в хроническом критическом состоянии, находящихся в ОРИТ, преобладающими возбудителями инфекций нижних дыхательных путей являлись грамотрицательные бактерии, в том числе Klebsiella pneumoniae, Acinetobacter baumannii и Pseudomonas aeruginosa, в более чем 40 % случаев. Наличие двух и более генетических маркеров резистентности было обнаружено в 80,55 % образцов. У всех штаммов A. baumannii обнаружили ген oxa-51-like. Распространены гены карбапенемаз (ndm, oxa, kpc) и бета‑лактамаз (shv, ctx-m-1, tem).

1. Ценципер Л.М., Тихомирова А.М., Лейдерман И.Н. Инфекции и их возбудители в отделениях реанимации и интенсивной терапии (обзор литературы). Российские биомедицинские исследования. 2024; 9 (3): 87–97. DOI: 10.56871/RBR.2024.20.71.011.

2. Гостев В.В., Сидоренко С.В. Бактериальные биопленки и инфекции. Журнал инфектологии. 2010; 2 (3): 4–15. DOI: 10.22625/2072-6732-2010-2-3-4-15.

3. Bassetti M, Peghin M., Vena A., Giacobbe D.R. Treatment of infections due to MDR gram-negative bacteria. Front Med. 2019; 6: 74. DOI: 10.3389/fmed.2019.00074. PMID: 31041313.

4. Tejerina E., Frutos-Vivar F., Restrepo M.I., Anzueto A., Fekri A., Palizas F., Gonzales M., et al. Incidence, risk factors, and outcome of ventilator-associated pneumonia. J Crit Care. 2006; 21 (1): 56–65. DOI: 10.1016/j.jcrc.2005.08.005. PMID: 16616625.

5. Rosenthal V.D., Yin R., Nercelles P., Rivera-Molina S.E., Jyoti S., Dongol R., de Moros D.A., et al. International Nosocomial Infection Control Consortium (INICC) report, data summary of 45 countries for 2015–2020: Device-associated module. Am J Infect Control. 2022; 50 (8): 942–954. DOI: 10.1016/j.ajic.2023.12.019.

6. Kalanuria A.A., Ziai W., Mirski M. Ventilator-associated pneumonia in the ICU. Crit Care. 2014; 18 (2): 208. DOI: 10.1186/cc13775. PMID: 25029020.

7. Siempos I.I., Vardakas K.Z., Kyriakopoulos C.E., Ntaidou T.K., Falagas M.E. Predictors of mortality in adult patients with ventilator-associated pneumonia: a meta-analysis. Shock. 2010; 33 (6): 590–601. DOI: 10.1097/SHK.0b013e3181cc0418. PMID: 19953007.

8. Козлов Р.С., Голуб А.В., Дехнич А.В., Сухорукова М.В., исследовательская группа SMART. Антибиотикорезистентность грам-отрицательных возбудителей осложнённых интраабдоминальных инфекций в России. Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. 2015; 17 (3): 227–234.

9. Nour El Deen A.M., Naga Y.S., El Menshawy A.M., Mahar M.K., Roshdy Y.S. Phenotypic versus molecular assays for detecting carbapenemase-producing Enterobacterales from urinary tract infections. Microbes and Infectious Diseases, 2024; 5 (4): 1506–1518. DOI: 10.21608/mid.2024.301393.2044.

10. Osei Sekyere J., Govinden U., Essack S.Y. Review of established and innovative detection methods for carbapenemase‐producing Gram‐negative bacteria. J Appl Microbiol. 2015; 119(5): 1219–1233. DOI: 10.1111/jam.12918.

11. Wei M., Chen X., Liu J., Li T., Wang P., Wang S., Wang J., et al. Development and validation of a novel multiplex real-time PCR assay for rapid detection of carbapenemase genes in carbapenem iesistant Enterobacterales Isolates and clinical samples. Infection and Drug Resistance, 2024; 17: 3451–3462. DOI: 10.2147/IDR.S475630. PMID: 39139626.

12. Gelfand B.R., editor. Nosocomial pneumonia in adults: Russian national guidelines. 2 nd ed., revised and updated. Moscow: Meditsinskoe Informatsionnoe Agentstvo; 2016: 176. (In Russ.).

13. Программа СКАТ (Стратегия Контроля Антимикробной Терапии) при оказании стационарной помощи: Российские практические рекомендации. под ред. С. В. Яковлева, С. В. Сидоренко, Д. Н. Проценко, Н. И. Брико 3-е издание, перераб. и доп. Москва: Издательство «Мед-Ком-Про»; 2025: 345.

14. Шек Е. А., Сухорукова М. В. , Эйдельштейн М.В., Склеенова Е.Ю., Иванчик Н.В., Шайдуллина Э.Р., Кузьменков А. Ю. с соавт. Антибиотикорезистентность, продукция карбапенемаз и генотипы нозокомиальных штаммов Acinetobacter spp. в стационарах России: результаты многоцентрового эпидемиологического исследования «МАРАФОН 2015–2016». Клиническая микробиология и антимикробная химиотерапия. 2019; 21 (2): 171–80. DOI:10.36488/ cmac.2019.2.171-180.

15. Устюжанин А.В., Чистякова Г.Н., Ремизова И.И., Семенов Ю.А. Изменения структуры генов антибиотикорезистентности штаммов семейства Enterobacteriaceae, выделенных от пациентов перинатального центра III уровня в ходе многолетнего мониторинга. Эпидемиология и Вакцинопрофилактика. 2025; 24 (6): 46–56. DOI: 10.31631/2073-3046-2025-24-6-46-56.

16. Самойлова А.А., Краева Л.А., Михайлов Н.В., Саитова А.Т., Полев Д.Е., Вашукова М.А., Гордеева С.А., с соавт. Геномный анализ вирулентности и антибиотикорезистентности штаммов Klebsiella pneumoniae. Инфекция и иммунитет. 2024; 14 (2): 339–350. DOI: 10.15789/2220-7619-GAO-15645.

17. Шипицына Е.В., Хуснутдинова Т.А., Головешкина Е.Н., Громова А.В., Скачкова Т.С., Крысанова А.А., Савичева А.М. Быстрый анализ мочи на значимую бактериурию и бета-лактамную резистентность уропатогенных энтеробактерий. Акушерство и гинекология. 2023; 2: 87–97. DOI: 10.18565/aig.2022.266.

18. Новикова И.Е., Садеева З.З., Шакирзянова Р.А., Алябьева Н.М., Лазарева А.В., Карасева О.В., Вершинина М.Г., с соавт. Использование полимеразной цепной реакции для детекции генов резистентности у грамотрицательных бактерий в рутинной практике педиатрического стационара. Клиническая лабораторная диагностика. 2022; 67 (3): 180–185. DOI: 10.51620/0869-2084-2022-67-3-180-185.

19. Ядгаров М.Я., Каменева Т.Р., Белобородова Н.В., Берикашвили Л.Б., Юрьев М.Ю., Базанович С.А., Яковлев А.А., ссоавт. Микробиологический профиль, антибиотикорезистентность и использование антибактериальных препаратов у пациентов с сепсисом, длительно находящихся в условиях ОРИТ. Медицинский алфавит. 2025; (27): 39–47. DOI: 10.33667/2078-5631-2025-27-39-47.

20. Yoon E.J., Jeong S.H. Class D beta-lactamases. J Antimicrob Chemother. 2021; 76(4): 836-864. DOI: 10.1093/jac/dkaa513, PMID: 33382875.

21. Takebayashi Y., Findlay J., Heesom K.J., Warburton P.J., Avison M.B., Evans B.A. Variability in carbapenemase activity of intrinsic OxaAb (OXA-51-like) β-lactamase enzymes in Acinetobacter baumannii. J Antimicrob Chemother. 2021; 76 (3): 587–595. DOI: 10.1093/jac/dkaa502, PMID: 33338207.

22. Chan K.W., Liu C.Y., Wong H.Y., Chan W.C., Wong K.Y., Chen S. Specific amino acid substitutions in OXA-51-type β-lactamase enhance catalytic activity to a level comparable to carbapenemase OXA-23 and OXA-24/40. Int J Mol Sci. 2022; 23 (9): 4496. DOI: 10.3390/ijms23094496, PMID: 35562886.

23. Zander E., Nemec A., Seifert H., Higgins P.G. Association between β-lactamase-encoding bla (OXA-51) variants and DiversiLab rep-PCR-based typing of Acinetobacter baumannii isolates. J Clin Microbiol. 2012; 50 (6): 1900-4. DOI: 10.1128/JCM.06462-11. PMID: 22422849.

24. Yang Q., Zhang M., Tu Z., Sun Y., Zhao B., Cheng Z., Chen L., et al. Department-specific patterns of bacterial communities and antibiotic resistance in hospital indoor environments. Appl Microbiol Biotechnol. 2024; 108 (1): 487. DOI: 10.1007/s00253-024-13326-9. PMID: 39412549.

25. Белобородов В.Б., Голощапов О.В., Гусаров В.Г., Дехнич А.В., Замятин М.Н., Золотухин К.Н., Зубарева Н.А. Диагностика и антимикробная терапия инфекций, вызванных полирезистентными микроорганизмами. Вестник анестезиологии и реаниматологии. 2025; 22 (2): 149–189. DOI: 10.24884/2078-5658-2025-22-2-149-189

26. Каменева Т.Р., Базанович С.А., Юрьев М.Ю., Жданова М.А., Голубева М.А., Лугинина Е.В., Петрова М.В. Этиологическая структура возбудителей инфекций нижних дыхательных путей у пациентов в хроническом критическом состоянии, проходящих лечение и реабилитацию в отделениях реанимации и интенсивной терапии. Физическая и реабилитационная медицина, медицинская реабилитация. 2025; 7 (2): 95–108. DOI: 10.36425/rehab681966.